Este noble palacio lo mandó edificar el señor de Jabalquinto Juan Alfonso de Benavides Manrique, el "Famoso Capitán de Lorca", primo segundo del Rey Fernando el Católico, casado con doña Beatriz de Valencia Bracamonte; el primogénito de ambos, Manuel, casó con Luisa Manrique, hija del célebre poeta Jorge Manrique. En 1637, la heredera de la Casa, doña Isabel de Benavides, marquesa de Jabalquinto, casó con el conde de Benavente Antonio Alonso Pimentel de Quiñones, uniéndose ambos títulos.

En 1720, a petición del Seminario de San Felipe Neri y para ampliación del mismo, los condes cedieron el palacio, reservándose el derecho, ellos y sus sucesores, de tener habitación cuando viniesen a Baeza, asiento señalado en la capilla y el respeto de los escudos de armas del edificio. En 1836 se incautó el Estado del inmueble, cediéndolo de nuevo al Seminario en 1853. El Palacio, declarado Monumento Histórico Artístico en 1931, fue Seminario hasta 1969 y Colegio Menor hasta finales de los años 70. En 1987 todo el complejo (Seminario Conciliar y Palacio de Jabalquinto) fue cedido por el Obispado a la Junta de Andalucía por 90 años, que lo ha afectado a la Universidad Internacional de Andalucía como sede permanente para sus actividades académicas.

Se viene atribuyendo el proyecto de su interesante fachada a Juan Guas, pero se cree que Egas como proyectista y Pedro López, maestro mayor de Jaén, como ejecutor de la obra es también una posibilidad válida.

El estilo de los Reyes Católicos (Isabelino) ofrece aquí un sorprendente efecto cromático, debido a la profusión de puntas de diamante, clavos de piña, frondas, florones, lazos, pináculos, heráldica y mocárabes. La puerta, centrada y enmarcada por pináculos góticos a modo de arrabá, forma un arco conopial recorrido por dos troncos por los que trepan graciosamente catorce figurillas humanas. En el segundo cuerpo, cuatro ventanas, gemelas las centrales, también entre pináculos y ajimezadas con delicadas columnillas. Encima, ocho escudos "a la valona" con yelmos, cimeras y lambrequines, cuatro del señor de Jabalquinto, Benavides, Manrique, Mendoza y Rojas, y cuatro de su esposa. Valencia, Bracamonte, Acuña y Mendoza. Toda esta bella fantasía se halla enmarcada por dos contrafuertes cilíndricos que se abren en mocárabes coronados por antepechos similares a los de las ventanas (reconstruidos aquellos por la D.G. de B.A.). Un mirador renacentista fue añadido posteriormente, con antepecho de hace unas decenas de años. Las habitaciones que dan a la fachada y que forman con ella la parte más antigua del edificio, conservan sus artesonados, algunos policromados.

El bellísimo patio renacentista, apuntando ya al barroco, es de doble arcada con columnas de mármol y escudos en todas las enjutas salvo las de ángulo que llevan parejas de niños; el antepecho de la galería alta está formado por rectángulos y balabalaustres alternados. En el intradós de las claves de dos arcos figuran dos fechas: 1599 y 1600 .

La escalera, de tipo monumental, con sus estípites, balaustres, volutas y demás profusa decoración, es netamente barroca, cubriéndose con media naranja el hueco de la misma. No obstante su aparente unidad, pueden observarse elementos que llegan hasta el primer cuarto del siglo XVIII.

La Restauración

La restauración del inmueble formó parte del Plan Plurianual de Inversiones de las Universidades Públicas andaluzas (2001-2005), en el que la Junta de Andalucía participó con una subvención de 3,3 millones de euros. Las obras se plantearon como una intervención respetuosa con el edificio, declarado Monumento Arquitectónico Histórico-Nacional.

De esta forma, se han mantenido los muros de carga, saneándolos y consolidándolos mediante un sistema de drenaje y ventilación de sus cimientos; se han saneado y sustituido los forjados por estructura de viguería de madera laminar, recuperándose y consolidando los artesonados históricos, y se han recuperado las cubiertas. Las actuaciones también han contemplado el cambio en la estructura por arcos de madera laminar, que en algunas salas se han dejado a la vista como solución formal equivalente a los artesonados. Asimismo, se ha puesto especial atención en los elementos de cerramiento, puertas y ventanas, como imagen actualizada de la intervención .

Por lo que se refiere a otros aspectos de la rehabilitación del edificio como la adecuación de forma general al confort y a los usos previstos, las instalaciones de climatización, electricidad, voz y datos, entre otras, se han situado de manera que circulan por vías sin alterar los elementos de calidad e imagen formal como artesonados. Las obras han permitido la supresión de las barreras arquitectónicas con soluciones mecánicas o arquitectónicas.